GeCKO 文库

基因组范围的CRISPR敲除(GeCKO)文库

基因组范围的CRISPR 敲除(GeCKO)文库能够在人或小鼠细胞中快速产生功能缺失的突变体并且筛选所期望的表型。金斯瑞将提供专利引进于Broad研究所张峰实验室的全部GeCKO(8个)CRISPR文库*。 GeCKO文库是gRNA的混合文库,可以在人或小鼠的基因组内敲除任何表达基因及非表达的基因,如miRNA基因。改进后的GeCKO v2.0文库含有非靶向gRNA作为对照,与此同时用来转导的慢病毒载体也同步进行了升级,以便更高效的富集病毒和提升病毒在原代细胞的转染效率。GeCKO文库已经被广泛使用于原代的人或小鼠细胞,干细胞,癌细胞及各种稳定细胞系。 GeCKO文库允许客户在不同的条件下鉴定任何细胞功能必须的基因,筛选哪个基因的缺失使癌细胞具有耐药性。要获取更多GeCKO文库设计、构建信息,请参考张峰实验室发表的文献:Sanjana N.E., Shalem O., Zhang F. Improved vectors and genome-wide libraries for CRISPR screening. Nat Methods. 2014 Aug;11(8):783-4. doi: 10.1038/nmeth.3047.

文库内容

文库名称
Human Library A
Human Library B
Mouse Library A
Mouse Library B
描述 63,383 sequences:
  • 19,050个基因,每3条sgRNA靶向1个基因;
  • 1,864个miRNA,每4条sgRNA靶向1个miRNA;
  • 1000条对照(非靶向性)sgRNAs
58,028 sequences:
  • 19,050个基因,每3条sgRNA靶向1个基因;
  • 1000条对照(非靶向性)sgRNAs
67,405 sequences:
  • 20,611个基因,每3条sgRNA靶向1个基因;
  • 1,175个miRNA,每4条sgRNA靶向1个miRNA;
  • 1000条对照(非靶向性)sgRNAs
63,383 sequences:
  • 20,611个基因,每3条sgRNA靶向1个基因;
  • 1000条对照(非靶向性)sgRNAs

GeCKO文库选择

文库名称
载体
交付量
周期*
Human GeCKO Library A

pLentiCRISPR v2
(all-in-one vector)

25 μg
5-7
100 μg
5-7
200 μg
5-7
Human GeCKO Library A

25 μg
5-7
100 μg
5-7
200 μg
5-7
Human GeCKO Library B

pLentiCRISPR v2
(all-in-one vector)

25 μg
5-7
100 μg
5-7
200 μg
5-7
Human GeCKO Library B

25 μg
5-7
100 μg
5-7
200 μg
5-7
Mouse GeCKO Library A

pLentiCRISPR v2
(all-in-one vector)

25 μg
5-7
100 μg
5-7
200 μg
5-7
Mouse GeCKO Library A

100 -900 μg**
8-10 weeks
Mouse GeCKO Library B

100 -900 μg**
8-10 weeks

*周期为工作日;**需求量可以100 µg为单位向上增加;欢迎咨询,发送邮件中请备注说明文库名称及相应的Cat.No.

交付结果

  • 文库(转染级)以25 μg为一个单位量。100 μg 及200 μg文库分别是以4 x 25 μg或者8 x 25 μg形式交付。 随文库发货附带技术指导,MSDS及COA 文件。
  • Mouse GeCKO Library A (dual vector): 100 μg混合文库 (研究级)
    • 需求量可以100 µg为单位向上增加,最大可扩大到900 µg(转染级)
    • 提供项目报告,包括小量测试(Step 1)所做Sanger测序的ABI文件及二代测序验证(Step 4)的统计摘要;如您需要,还可提供完整可用的NGS原始数据。

GeCKO v2.0文库载体选择

为了交付在慢病毒载体上对细胞高效的GeCKO文库,使用双载体系统可以获得最大的病毒滴度;在这个双载体系统中,S.pyogenes Cas9(lentiCas9-Blast)和sgRNA(lentiGuide-Puro)分别使用了带有不同抗性筛选标记的单个病毒载体。同时,也可以使用all-in-one的lentiCRISPR v2载体,其具有比原来的lentiCRISPR载体高10倍的病毒滴度。

金斯瑞可提供如下有效使用的慢病毒载体以用于GeCKO文库筛选:

    lentiCRISPRv2 single vector lentiviral GeCKO systemlentiCas9-Blast + lentiGuide-Puro two-vector lentiviral GeCKO system

GeCKO载体汇总

载体名称 gRNA 启动子 All-in-one vector? 选择/筛选标记 载体图谱
pLentiCRISPR v2
U6
是,EFS启动子启动Cas9表达,C端带DYK
AmpR, PuroR
pLentiGuide-Puro
U6
否,pLentiCas9-Blast载体免费提供,以用于共表达
AmpR, PuroR

如何使用GeCKO文库

GeCKO文库是CRISPR gRNA的混合文库,可以在人或小鼠的基因组内敲除任何基因及非表达的基因,如miRNA基因。每条gRNA克隆到优化过的慢病毒载体中以实现高效率地转染原代细胞或培养细胞。GeCKO文库应以较低的MOI值转导细胞,以保证每个细胞进入不超过1条gRNA。转染完成后在进行文库筛选之前,应对细胞进行NGS深度测序,以评估gRNA在细胞中的表现。文库筛选后,还需进行第二轮NGS测序并数据分析,以鉴定在筛选过程中缺失或富集的gRNA。通过GeCKO文库筛选找到真正的阳性克隆,您需鉴定哪些基因相对应的gRNA是被富集的。要获取关于GeCKO文库筛选更多流程,请参考Genome Engineering网站。

GeCKO v2.0文库特点

针对人类或小鼠基因组的每个基因,GeCKO文库的设计包含:6条单链gRNA(sgRNA)以及针对每个miRNA的4条sgRNA,及1000条非靶向性的对照sgRNAs。

这些gRNA分布在每个基因超过3-4个组成型表达的外显子上,以此将脱靶效应降至最低。每个文库均包括两个子文库A和B.每个子文库都分别包含针对每个基因的3个唯一的sgRNA;仅A文库包含可靶向1,864 个miRNAs中任意一个miRNA的4条sgRNA。A和B子文库都包含了1000个非靶向性的对照sgRNA.使用单个子文库能够覆盖基因组范围,但也减少了完成一次筛选所需要的细胞数量。当实验的细胞数量有限时(例如,原代细胞或体内筛选),这是非常有用的;当然,如需更大的筛选可以通过结合两个子库来完成。

所有的GeCKO l文库序列见如下.CSV格式文件,可点击如下文件链接获取。

CRISPR/Cas9 基因组编辑相关服务

询价及订购

可发邮件至gene@genscript.com.cn , 金斯瑞可按照张峰实验室提供的GeCKO文库扩增流程、经过二代测序量化gRNA及库的复杂性,为您提供扩增及经过验证的GeCKO文库。

    CRISPR™产品和服务执照许可
  • 金斯瑞为客户提供的GenCRISPR™产品和服务得到美国 Broad 研究所,哈佛大学和麻省理工学院授权许可。GenCRISPR™产品和服务受到US 8,697,359, US 8,771,945, US 8,795,965, US 8,865,406, US 8,871,445, US 8,889,356, US 8,889,418, US 8,895,308, US 8,906,616及多国同等专利保护。
  • GenCRISPR™产品和该服务中生成的试剂只能作为工具用于科学研发目的,不得用于以下用途:
    (1)任何人体或临床的使用;(2)修改任何人类生殖体系,包括改变人类胚胎或人的生殖细胞的DNA;(3)任何作为兽药或在牲畜体内的使用;(4)制造、批发、进口、出口、运输、销售、许诺销售、市场营销及推广,或其他开发,对人类或动物的测试服务,治疗或诊断。
  • GenCRISPR™服务使用者和产品的购买者:
    不可转让GenCRISPR™产品和该服务中生成的试剂于第三者。GenCRISPR™产品和该服务中生成的试剂只能作为工具用于科学研发目的,不得用于任何商业目的。

客户应明确知晓上述对试剂用途的限制,并自行承担因违反该限制而产生的法律责任。

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