引物合成常见问题

引物的合成和纯化

1. 引物是如何合成的?

2. DNA合成粗产物中含有什么杂质?

3. 引物纯化方式有哪些?

4. 引物纯化方式如何选择?

5. 合成的引物5'端是否有磷酸化?

6. 最长可以合成多长的引物?

7. 为何长链引物的收费要比短链引物要高?

8. 交付引物质量好坏的判断标准是什么?

9. PCR产物经过克隆以后测序发现引物区与合成序列不相符合,怎么办?

10. 测序发现引物有突变是怎么回事?

引物的定量、保存和溶解

11. 如何确定需要合成多少OD值的引物?

12. 如何测定引物的OD值?

13. 如何通过OD值计算引物的浓度?

14. 引物(含修饰)的分子量是如何确定的?

15. 如何保存引物?

16. 引物在常温下运输,会降解吗?

17. 如何溶解引物?

18. 已经溶解的引物,为什么原先使用正常,而过一段时间再使用就不好了?

引物的纯度及使用中的常见问题

19. 如何检测引物的纯度?

20. 当引物的OD260/OD280小于1.8时,引物的纯度合格吗?

21. 同样的OD用PAGE检测,EB染色为什么深浅不一?

22. 进行PAGE电泳时,长度完全一样的Oligo DNA为什么泳带不在同一位置?

23. 能否使用Agarose凝胶电泳分析合成的引物?

24. 有时候干燥后的引物呈黄褐色,这是DNA的本身颜色吗?

25. PCR扩增不出来,跟引物有关吗?

26. 合成的引物进行PCR反应时无目的带,怎么办?

27. PCR扩增有很强的非特异条带,说明引物有污染吗?

28. 如何将两条互补的单链退火形成双链?

29. 引物片段退火后不能连接到载体上是什么问题?

引物的设计及修饰

30. 引物设计的基本原则是什么?

31. 常用引物设计软件有哪些?

32. 文献上找到的引物和探针序列能否直接使用?

33. 如何计算引物的Tm值?

34. 常见的引物修饰的有哪些?

35. 为什么修饰引物的产量要比一般引物低,价格要高?

36. 合成的荧光标记探针应如何保存?

37. 常见的荧光染料有哪些?

38. FITC与FAM的区别是什么?

39. 淬灭基团为TAMRA、Eclipse或BHQ系列染料的双标记荧光探针在使用上有什么不同?

40. TaqMan 探针设计的基本原则是什么?

41. 修饰标记对OD值的测量有影响吗?

42. 磷酸化是怎么回事?

43. Phospothioate(S-oligos)硫代引物和普通的引物有什么区别?

44. 氨基修饰的原理是什么?注意事项是什么?

45. HEX, TET or 6-FAM几种的区别是什么样的?