Ion Torrent高通量测序

金斯瑞拥有经验丰富的测序专家队伍及强大的基因测序平台,在Sanger常规测序平台的基础上,引进了Life Technology公司的Ion Torrent高通量测序平台,可为您提供小基因组测序、扩增子测序、16s宏基因组测序等服务。

Ion Torrent个人化操作基因组测序仪(PGM™)是基于半导体技术的测序仪。与其它测序技术相比,使用该项技术的测序系统更简单、更快速及更易升级。该测序仪与其它高通量测序仪特征互补,缩短服务周期,增加服务效率。


  • 快速: 测序仅需1.5~2个小时
  • 通量灵活: 三款不同通量芯片灵活应用
  • 操作简单: 自动化程度高
  • 数据分析简易:配套多种软件
  • 长读长: 单端100, 200, 300, 400 bp

图1. ION PGM™ Sequencer

PGM™测序仪的核心技术是使用半导体技术在化学和数字信息之间建立直接的联系。在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后依次掺入ACGT。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到,通过对氢离子的检测,实时判读碱基。从而完全摆脱了利用光路系统进行碱基识别的限制,使测序过程更简单、快捷和低成本。



图2. Ion Torrent测序原理示意图

平台优势

  • 速度快,周期短:从处理样品到获得结果只需不到1天的时间
  • 满足各种测序通量: 可根据测序通量的要求选择不同的离子半导体芯片,获得最小10Mb、最大1Gb以上的高准确度序列
  • 良好的测序覆盖均衡度:可以检测到以往用其它技术无法检测的区域,降低获得较好结果所需的测序深度
  • 理想的测序读长:目前测序读长为200~400 bp

服务流程

平台服务内容

  • 小基因组测序(如:微生物的重测序和病毒的从头测序和重测序)

    全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。全基因组重测序的个体,通过序列比对,可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP),插入缺失位点(InDel,Insertion/Deletion)、结构变异位点(SV,Structure Variation),通过生物信息手段,分析不同个体基因组间的结构差异, 同时完成注释。

    全基因组de novo测序即全基因组从头测序,是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序,然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装,最终获得该物种基因组序列图谱。

  • 扩增子测序

    扩增子测序是指利用PCR技术将基因组序列中的某个特定区域扩增出来进行测序,在临床上有极大的应用。针对PGM™测序仪,自主研发了扩增子测序高通量序列拼接、比对和分析程序,并与独有的微生物分子标识数据库相结合,能将微生物菌株鉴定到种属、血清型甚至菌株水平。

  • 16S宏基因组测序

    宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群,从而成为微生物研究的前沿领域。对环境样本进行DNA提取后进行16s区域扩增,再对扩增产物进行建库、测序,然后对所得的数据进行生物信息学分析。

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