为了了解用两种不同方法制备的质粒DNA的质量和产量，我们从不同方面对质粒进行了测试。
通过使用Nanodrop进行定量，我们发现核酸纯化柱制备的质粒的浓度通常低于乙醇沉淀法制备的浓度。对于低拷贝数的质粒，二者的差异更大。
是因为核酸纯化柱法的产率较低还是用Nanodrop测量的DNA浓度不准确？Nanodrop是紫外分光光度计，通过260 nm的吸光度测量DNA浓度。但是有太多其他物质在260 nm处吸收，因此测量不是特定的。
另一种DNA定量常用方法是Qubit分析，Qubit法是基于荧光染料的化学性质来分析。荧光染料可与DNA分子特异性结合，因此即使对于受污染的样品，Qubit 也可以确定真实的DNA浓度。
我们用Nanodrop和Qubit系统测量了DNA浓度，发现由Nanodrop确定的质粒浓度通常高于Qubit。对于乙醇沉淀法制备的质粒，这两种方法之间的差异更大。另外，使用乙醇沉淀法和核酸纯化柱制备后，Qubit显示质粒的浓度非常相似。这些结果表明核酸纯化柱制备的质粒总收率与乙醇沉淀的水平相同，但核酸纯化柱制备的质粒污染更少。
质粒的纯度会影响下游克隆反应，为了进一步验证核酸纯化柱制备的质粒是否比乙醇沉淀更清洁，我们将质粒用于制备克隆的线性化载体。我们将制备的质粒和凝胶纯化的DNA两次消化相同量（Nanodrop浓度）。我们发现用核酸纯化柱制备的质粒比乙醇沉淀产生的线性化质粒浓度高得多。这进一步表明，用核酸纯化柱制备的质粒含有较少的污染物。
我们将等量的（ Nanodrop法定量）质粒DNA直接转化到大肠杆菌感受态细胞中。核酸纯化柱制备的质粒产生了更多的菌落，进一步表明核酸纯化柱制备的DNA含有更多的目的质粒DNA分子。
总之，用核酸纯化柱制备的质粒比乙醇沉淀更干净，更适合克隆和转化反应。
